Ich kann einige Dateien auf meiner Speicherkarte nicht finden.

Einige ältere Programme von Drittanbietern bzw. die vorinstallierten Microsoft-Programme erkennen nur Dateien, die im Ordner My Documents liegen. 

Entweder Sie verschieben die Dateien in den Ordner auf Ihrem Pocket PC oder Sie legen einen weiteren My Documents Ordner auf Ihrer Speicherkarte an und verschieben die entsprechenden Dateien dorthin.
Innerhalb von My Documents können Sie auch mit Unterordnern arbeiten, um die Übersicht nicht zu verlieren (z.B. Music, Video, o.ä.)