Wie kann ich unter Windows XP Autostartprogramme deaktivieren, die nicht im Autostartordner sind?

Das lässt sich mit dem Systemprogramm msconfig.exe lösen.
Hier können sämtliche Autostartprogramme einzeln an- und abgewählt werden. 

Klicken Sie auf Start -> Ausführen und geben Sie msconfig ein.
Das Systemkonfigurationsprogramm öffnet sich und Sie können in den einzelnen Reitern nach dem gewünschten Programm suchen und den Autostart an- oder abschalten.
Beim nächsten Booten sollte dann das entsprechende Programm nicht mehr automatisch starten, bzw. wieder automatisch starten.